系统性原则
本绩效考核方案以1999年6月财政部、国家经贸委、人事部、国家计委联合颁布的企业效绩评价体系为出发点，将全所各级、各部门员工的考核指标纳入一个系统，共同遵循统一的原则和方法，这一原则和方法与全所的目标管理相匹配。目标管理的基本思路是设定全所总目标后层层分解，绩效考核指标同样依据这一思路，将全所的综合评价指标层层分解，分级、分部门层层负责，每个部门，每个员工。同时，考核方案又将整体与局部相结合，使员工既要对自己的本职工作负责，又要对全所的综合效益负责，从而使全所各级人员形成全所共同利益的观念。
行为导向原则
绩效考核方案各个指标均设有不同权重，不同的权重设计，可以体现出十七所的工作中心和战略发展方向。例如，将科研与技术发展指标的权重调高，就可以鼓励所员工对技术研究进行更多的投入。这一作用正如经济领域中银行利息对经济的调节作用。
业绩优先原则
在本绩效考核方案中，设有工作业绩指标、工作能力指标和工作态度指标三项指标，但这三项指标的重要程度不同，其中工作业绩指标权重最大，占70%。这一设计与目标管理相匹配，同时也最具有说服力。
定量指标与定性指标相结合原则
本绩效考核方案中的指标依据企业效绩评价体系中的指标转换而成，其中的财务指标皆为定量指标，以衡量企业经营的实际效果。指标体系中的非财务指标，既有定量指标，对难以定量的进行定性描述，使定量指标与定性 指标相互弥补各自的不足，以达到全面评价被考核者的目的。
适用性原则
本绩效考核方案以财政部颁布的企业效绩评价体系为出发点，但在具体指标运用过程中，充分考虑十七所的企业性质和实际情况，对原指标作了适当的增减，最重要的变化就是强调了科研与技术发展能力与员工技术素质状况两项指标，并对两项指标分解为10项考核指标，以体现十七所科研技术和人才培养的性质。